答：这种情况能继续抵扣。

您公司仓库存储条件良好、管理有序，因暴雨导致仓库进水、货物被淹损坏，属于自然灾害造成的损失，不属于非正常损失，因此，对应货物的进项税额无需做转出处理，可以继续抵扣。

根据《中华人民共和国增值税法》第二十二条第三项规定，非正常损失项目对应的进项税额不得从销项税额中抵扣。《中华人民共和国增值税法实施条例》第十九条明确，增值税法所称非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除等情形。

需要注意的是，企业应当留存好相关证明材料，如仓库检查记录、设备配备情况、气象部门发布的暴雨预警或天气证明、仓库进水的现场照片或视频、存货损失清单、内部报损审批记录等，确保能够充分证明自己已履行了合理的、必要的管理义务，该损失确由自然灾害等不可抗力因素造成，从而合规享受进项税额抵扣政策。

——来源：2026年8月30日，国家税务总局网站