【案例】

2012-2020年间，自然人甲在上海某智能化设备公司工作从事技术研发。2020年离职，双方签订竞业禁止协议。

协议约定，离职补偿金为每月1万元，时限为5年；若发现违约，甲需支付公司违约金80万元。

截止2024年12月，已发放4年，累计48万元。

2025年2月，公司发现甲违反竞业禁止协议，提出起诉。

经法院调解，甲支付公司违约金70万元。

【问题】

甲支付违约金后，原已被扣缴的个税，是否可申请退税？

【思考】

甲申请退税，税务机关审核后认为，支付的违约金，不能证明是离职补偿的收回，不同意退税。

需要进一步的思考的是：

一、在此情况下，甲该怎么办？

二、以案为鉴，作为职工，在签订竞业补偿协议，需注意哪些问题？